宿主在人体的滴虫有三种：口腔毛滴虫、人毛滴虫（宿主在肠道内）和阴道毛滴虫。阴道毛滴虫主要侵害人体的泌尿生殖系统，它可宿主于女性的外阴皮肤皱褶内、尿道旁腺、下段尿道、前庭大腺、阴道及子宫颈管内；在男性，阴道毛滴虫多宿主在尿道和前列腺中。人体的另外两种毛滴虫是不病毒感染阴道的。

一般来说，身体健康女性中有一部分人阴道内就具有阴道毛滴虫，但并不引发炎性反应，有可能是阴道内环境继续不合适滴虫生长，也有可能因为病毒感染的虫株毒力不强劲所致。但是当阴道内环境再次发生转变，不利于滴虫生长时，就有可能引发滴虫性阴道炎。滴虫性阴道炎是育龄期妇女十分少见的一种阴道炎症，其患病率次于霉菌性阴道炎。滴虫可以通过性生活传播，也可以通过间接认识传播，游泳池、浴池特别是在盆塘都可以沦为滴虫的传播场所。

母亲患滴虫后传染给新生儿也是有可能的。

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